В настоящее время методы, применяемые для извлечения и изучения конодонтов, находящихся в кремнистых породах, сопряжены с рядом проблем. Это затрудняет решение многих задач в областях развития вулканогенных и вулканогенно-осадочных пород, где кремни, яшмы и фтаниты являются единственными осадочными образованиями, по которым возможно определить возраст на основе биостратиграфического метода. Рентгеновская компьютерная микротомография позволяет избежать большинства проблем и получить превосходные изображения конодонтов в виде их объемных моделей, срезов в любом направлении, а также в формате видео, на котором конодонт вращается в разных плоскостях. Показано, что аналогичные материалы можно получать и по пустотам, оставшимся в породе после растворения конодонта.

Применение рентгеновской компьютерной микротомографии просто, когда конодонты уже найдены на поверхности образца, внутри него, или их содержание в породе заведомо велико и позволяет провести сканирование без предварительного поиска. Для тех случаев, когда конодонты редки, предлагается следующая методика их обнаружения. Порода распиливается на пластинки. На их поверхности, смоченной смесью глицерина и воды, под бинокулярным микроскопом ищутся конодонты. Результат при необходимости (если порода не прозрачная) проверяется химической реакцией – на поверхность образца наносится 5–10 % соляная кислота и 1–2 кристалла молибденовокислого аммония. Появление желтого осадка свидетельствует о наличии фосфора, соответственно вероятность того, что обнаруженный объект является конодонтом, увеличивается. Далее образец следует отмыть от кислоты, сократить в размере и провести собственно микротомографическое исследование.